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インボイス制度 完全ガイド【2026年10月改正対応】― 多店舗企業が押さえる論点の全体像

インボイス制度が始まって3年。制度そのものはすでに運用の段階に入りましたが、2026年10月1日、免税事業者等からの仕入れにかかる経過措置が次の段階に移ります。しかも令和8年度税制改正によって、当初予定されていたスケジュールそのものが変わりました。このページでは、まず「何が変わったのか」を整理したうえで、自社に関係する論点へ案内します。

2026年10月1日から変わります

免税事業者等からの仕入れにかかる控除割合が 80% → 70% に

令和8年度税制改正により、経過措置は当初予定されていた「50%への一気の引下げ」から、70% → 50% → 30%と段階的に縮減するスケジュールへ変更されました(国税庁「7・5・3割控除」)。あわせて、一の免税事業者等からの課税仕入れについて、その年または事業年度の合計額に設けられる上限が10億円から1億円(税込)へ引き下げられます(令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用)。

出典:国税庁「インボイス制度の見直し(令和8年度税制改正)」/2026年9月時点

期間

控除できる割合

令和5年10月1日 〜 令和8年9月30日

80%

令和8年10月1日 〜 令和10年9月30日 ←ここが2026年10月

70%

令和10年10月1日 〜 令和12年9月30日

50%

令和12年10月1日 〜 令和13年9月30日

30%

令和13年10月1日 〜

控除できません

2026年10月、変わるのはこの3点

① 控除割合が70%へ
免税事業者等からの課税仕入れについて控除できる割合が、80%から70%に下がります。以降も2年ごとに50%、30%と縮減し、令和13年10月1日からは控除できなくなります。

② 1億円の上限が新設
一の免税事業者等からの課税仕入れについて、その年または事業年度の合計額に税込1億円の上限が設けられます(従来は10億円)。令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。

③ 2割特例が終了
2割特例は令和8年9月30日までの日の属する課税期間で終了します。令和9年・10年分については、一定の個人事業者を対象とする3割特例が新設されています。

①と②は、免税事業者から仕入れている買う側の話です。多店舗展開企業にとっては、店舗物件の貸主が免税事業者のままというケースが該当しやすい論点です。③は主に売る側である小規模事業者の話ですが、取引先の免税事業者が課税事業者に転換するかどうかを左右するため、間接的に買う側にも影響します。

自社に関係するのはどの論点か

インボイス制度に「関係ある業種/ない業種」という切り分けはできません。関係の有無を決めるのは業種ではなく、売る側として交付を求められる立場か買う側として仕入税額控除を受ける立場かの2点です。あてはまるところからお読みください。

賃貸物件の貸主が免税事業者の場合
店舗・事務所の賃料と仕入税額控除/貸主への確認と覚書での対応
詳しく読む →

自社が対象かどうかを知りたい場合
業種では決まらない/売る側・買う側の2軸で判断する
詳しく読む →

飲食店・飲食チェーンの場合
免税事業者のままの生産者・小規模卸からの仕入れをどう扱うか
詳しく読む →

小売店・小売チェーンの場合
請求書様式の変更と保存の負担/仕入れ先の登録状況の把握
詳しく読む →

サービス業(ホテル・ゴルフ場等)の場合
法人利用が多い業態で交付を求められる場面と対応
詳しく読む →

適格簡易請求書を交付したい場合
簡易インボイスを交付できる事業者の範囲と記載事項
詳しく読む →

多店舗企業が、いま確認しておきたい3点

店舗数が多い企業ほど、2026年10月の切替の影響は積み上がります。月額110万円(うち消費税10万円)の物件で貸主が免税事業者のままなら、控除できる額は8万円から7万円へ。年間換算で1物件あたり12万円、20物件あれば240万円の差です。確認すべきことは多くありません。次の3点です。

① 貸主が適格請求書発行事業者かどうかを、物件ごとに把握できているか
法人・個人を問わず、貸主が適格請求書発行事業者かどうかを物件ごとに確認します。物件単位で分かる状態になっているかが出発点です。

② 登録番号を、どの書類で受領し、どこに保管しているか
賃貸借では毎月の請求書を発行しないことも多く、覚書や通知書で登録番号を受領しているケースがあります。その書類が契約情報と紐づいて保管されているかを確認します。

③ 貸主が登録をやめた場合に、それを検知できる状態にあるか
登録は取りやめることもできます。一度確認して終わりではなく、変更を拾える運用になっているかどうかが、決算時の差異を防ぎます。

②と③は、契約情報が物件ごとに紐づいて管理されていないと難しくなります。物件数が数十を超えたあたりから、Excelや紙のファイルでは変更の追跡が現実的でなくなる部分です。

よくある質問

Q1. インボイス制度はいつ始まりましたか?
2023年10月1日に開始しています。あわせて、それまでの区分記載請求書等保存方式は2023年9月末で終了しました。

Q2. 2026年10月1日から何が変わりますか?
免税事業者等からの課税仕入れについて控除できる割合が、80%から70%に下がります。あわせて、一の免税事業者等からの課税仕入れについて、その年または事業年度の合計額に税込1億円の上限が設けられます(令和8年10月1日以後に開始する課税期間から)。

Q3. 経過措置はいつまで続きますか?
令和10年10月1日から50%、令和12年10月1日から30%と段階的に縮減し、令和13年10月1日以降は控除できなくなります。令和8年度税制改正により、当初予定より緩やかな引下げに変更されました。

Q4. 店舗の貸主が免税事業者だと、賃料の消費税はどうなりますか?
仕入税額控除を全額は受けられません。経過措置により一定割合まで控除でき、その割合が2026年10月1日に80%から70%へ下がります。なお、住宅の家賃のように消費税が非課税となる賃貸借は、そもそもこの論点の対象外です。

Q5. 2割特例はどうなりますか?
令和8年9月30日までの日の属する課税期間で終了します。令和9年・10年分については、一定の個人事業者を対象とする3割特例が新設されています(法人は対象外です)。

Q6. 業種によっては関係ないと聞きましたが?
業種だけで判断することはできません。お客さまが一般消費者中心の業種でも、自社が課税事業者であれば、賃料や仕入れを支払う「買う側」として制度の中にいます。詳しくは「自社が対象かどうかを知りたい場合」をご覧ください。

※本ページの制度に関する記載は2026年9月時点のものです。最新の内容は国税庁「インボイス制度の見直し(令和8年度税制改正)」をご確認ください。

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2026年10月 インボイス経過措置 対応チェックリスト
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